Nier: Automata lấy bối cảnh tương lai xa, khi Trái Đất bị chiếm đóng bởi một đội quân máy móc do sinh vật ngoài hành tinh tạo ra. Loài người buộc phải rút lên Mặt Trăng và phát triển các android chiến đấu để giành lại hành tinh. Câu chuyện theo chân đơn vị YoRHa, đặc biệt là hai android 2B và 9S, những chiến binh được thiết kế hoàn hảo, không cảm xúc và chỉ tuân theo mệnh lệnh. Tuy nhiên, trong các nhiệm vụ tiêu diệt máy móc tưởng chừng vô tri, họ dần nhận ra rằng kẻ địch không đơn giản là “máy móc vô cảm” mà đã bắt đầu hình thành nhận thức, cảm xúc và cả mong muốn tự do. Những mâu thuẫn này kéo họ vào vòng xoáy nghi vấn về mục đích tồn tại, về cuộc chiến kéo dài vô tận, và về những bí mật mà tổ chức YoRHa luôn cố tình che giấu. Trò chơi kết hợp bối cảnh khoa học – viễn tưởng với cảm xúc nhân văn sâu sắc, tạo nên một thế giới vừa tăm tối, vừa đẹp đến ám ảnh.
